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原核生物转录组测序是指利用第二代高通量测序技术对原核生物的转录本（mRNA和非编码RNA）进行测序，全面快速地获取特定微生物在特定状态下的所有转录本的信息。通过转录组测序研究可以揭示微生物不同表现型形成的分子调控机制。
优势
★ 拥有标准化操作实验室和高通量测序技术平台，实验周期短，质量可靠。
★ 技术人员经验丰富，可以根据合作伙伴要求提供实验方案、解决实验问题、分析实验结果。
★ 拥有专业的生物信息团队和大型计算机，可以为合作伙伴提供个性化的生物信息分析服务。
技术路线
原核生物转录组测序技术路线图
原核生物的mRNA一般为多顺反子，直接拼接效果较差。若没有参考基因组，需要先做一个基因组扫描图来辅助后期转录组分析。原核生物mRNA没有Poly A结构，无法用Oligo dT纯化mRNA，必须通过去除总RNA中的核糖体RNA来纯化得到mRNA。
链特异性转录组合成cDNA第二条链时，加入的dNTPs试剂中用dUTP代替dTTP，使cDNA第二链中仅包含A/U/T/G。在PCR扩增前，用UNG酶将cDNA第二链消化，从而使文库中仅包含cDNA第一链。
生物信息分析
 原核生物转录组测序数据分析
1. 原始数据处理
对原始数据拆分后统计有效数据的信息，提供碱基组成分布图和碱基质量分布图。
2. 数据质量控制
针对原始数据进行质量控制，去接头，去低质量序列，统计高质量序列的信息。
3. 转录组mapping比对及统计
提供转录组mapping的基本信息，包括mapping比率大小，reads在CDS、rRNA、tRNA等区域的统计等。
4. 表达差异分析（2个以上样本）
提供每个样本的基因表达情况，2个以上样本提供差异表达情况，包括表格和可视化图形展示结果。
5. 基因功能分类
GO分类、COG分类、KEGG通路分析等。
6. 差异基因功能富集分析（2个以上样本）
针对2个以上样本的差异基因提供GO功能显著性富集分析和KEGG通路显著性富集分析结果。
7. 新转录本的预测
提供注释到的新转录本信息表。
8. sRNA分析（链特异性转录组）
筛选出候选sRNA，并与已知数据库比对和注释，预测二级结构和靶基因。
承诺指标
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原核转录组 |
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核糖体RNA去除率>80% |
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单碱基错误率<0.01% |
注：针对大部分的革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌
送样要求
1. 样品类型： RNA
2. 样品需求量（illumina平台，单次）：Illumina PE文库> 10 µg
3. 样品浓度： Illumina PE文库 > 50 ng/µL；
4. 样品纯度：OD260/280=1.8-2.0并确保RNA无降解；Aglient 2100检测仪分析RNA完整性数据RIN≥7。
5. 样品保存期间切忌反复冻融，送样时请使用干冰运输。为防止RNA的降解，请确保干冰的量足够运送到目的地。 |
