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SSR分子标记开发

SSR分子标记开发 




微卫星DNAMicrostatellite),又称简单重复序列(Simple Sequnce Repeat, SSR),指DNA基因组中1-6个核苷酸的简单重复序列。在各种真核生物基因组中广泛存在,多数以26个碱基为核心单位、串联重复排列的序列。



应用领域:


 遗传图谱构建  种质鉴定  遗传多样性分析  基因定位  数量性状基因座(QTL)分析



产品参数:


测序平台及模式

Illumina MiSeq, PE250

样本选择及数据量

1-5 个样,推荐1.0 Gb;

5-10 个样,推荐1.5 Gb;

10-20 个样,推荐2.0 Gb;

备注:不同样本分别提取DNA后等量混合建库

DNA样本量

总量≥1.0 μg,浓度≥20 ng/μl

(总样本)

项目周期

标准分析36天

交付指标

提供不少于100对引物(经过筛选后具有多态性的)

参考基因组

有参、无参均可


 

技术线路:

SSR分子标记开发技术路线.jpg

信息分析内容



序 号

分析项目

类 别

分 析

1

下机数据统计

A

2

数据质控

A

3

高质量数据获取

A

4

SSRs搜索结果及统计

A

5

SSRs模体结果及统计

A

6

SSRs聚类及结果统计

A

7

SSRs多态性评估

A

8

SSRs引物设计

A

A:标准信息分 B:高级信息分 C:个性化分析




分析结果展示



SSR分子标记开发分析结果.jpg

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