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群体进化关系

群体进化关系 




利用全基因组重测序或简化基因组测序(dd-RAD)技术获得某物种自然群体各亚群的基因组信息,通过与参考基因组比对或聚类分析的方法得到大量变异信息,基于SN P信息讨论群体的遗传结构、基因交流情况、物种形成机制以及群体进化动态等生物学问题。



产品参数:




基于重测序

基于简化

测序平台及模式

Illumina HiSeq, PE150

测序深度

>10x/个体

混合建库;Tag数≥10万,平均10x/Tag

项目周期

标准分析88天

标准分析80天

样本选择

同一物种自然群体的不同亚种(或品系),每个亚群样本数≥10; 群体数≥3;总体不少于30个样本

DNA样本量

总量≥0.5 μg,浓度≥10 ng/μl

(单个样本)

总量≥0.5 μg,浓度≥10 ng/μl

(总样本)

参考基因组

必须有参

无参或参考基因组较大


 

技术线路:

群体进化技术路线.jpg

信息分析内容:


序 号

分析项目

类 别

分 析

备 注

1

下机数据统计

A


2

数据质控

A


3

高质量数据获取

A


4

序列比对分析

A

仅限有参

5

聚类分析

A

仅限无参

6

测序深度及覆盖度概述

A


7

染色体覆盖深度分布

A


8

群体 SNP 检测、注释及统计

A


9

群体特异性SNP统计

A


10

系统发育树构建

A


11

群体主成分分析

A


12

群体遗传结构分析

A


13

群体遗传多样性分析

A


14

基因流分析

A


15

有效群体大小统计

B



16

连锁不平衡分析

B


仅限有参

17

选择性清除区域检测

B


仅限有参

18

选择性清除区域基因的功能富集分析

B


仅限有参

19

亚群特异性SNP统计

B



A:标准信息分 B:高级信息分 C:个性化分析



分析结果展示


群体进化结果展示.jpg

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